Majelis pengasuhan adalah salah satu lembaga di Pondok Pesantren Modern Al-Mizan yang mendidik dan membina secara langsung kehidupan berdisiplin santri dalam asrama dan seluruh kegiatan ekstrakurikuler santri.
Pola pendidikan Pondok Pesantren Modern Al-Mizan mengacu pada dua hal yaitu jalur asuh dan jalur ajar. Pendidikan dengan jalur asuh adalah pola pendidikan santri yang berkaitan dengan semua kegiatan dan kehidupan disiplin santri diluar jam sekolah atau dengan diskripsi lain jalur asuh bisa dikatakan sebagai pola pendidikan santri didalam asrama, sedangkan jalur ajar itu sendiri adalah pola pendidikan santri selama didalam kelas yang berkaitan dengan kegiatan belajar mengajar dan disiplin sekolah. Majelis Pengasuhan pada posisi ini berfungsi sebagai fungsi kontrol atau pengawas pada pola pendidikan jalur asuh. Dan pada dasarnya pola pendidikan intra atau ekstrakurikuler sekalipun merupakan satu kesatuan yang saling berkaitan satu sama lainya dan terintegrasi pada satu sistem pendidikan dan pengajaran yang terpadu.
Tugas lembaga ini mencakup kehidupan santri di luar jam sekolah, adapun tugas utama lembaga ini adalah mengatur aktivitas kehidupan santri di asrama selama 24 jam.ada dua hal pokok yang menjadi tugas lembaga pengasuhan ini yaitu sebagai pembina Organisasi Santri Pondok Modern (OSPM) dan Pramuka dan sebagai pembina dan penegak disiplin santri.
Kehidupan santri Pondok Pesantren Modern Al-Mizan selama 24 jam tidak lepas dari disiplin hidup, ubudiah, bahasa ataupun seluruh aktivitas santri sehari-hari. Oleh karenanya Majelis Pengasuhan menjadi sentra dalam pengendalian disiplin santri. Sebagai perwujudan wewenang tersebut, majelis pengasuhan dibantu oleh OSPM dan Koordinator Pramuka. Dalam menegakan disiplin santri Majelis Pengasuhan lebih menekankan pada kesadaran akan pentingnya hidup berdisiplin dan tindakan-tindakan pencegahan dan menghilangkan sanksi fisik, dengan demikian diharapkan seluruh santri menyadari betul akan penting hidup dengan disiplin, kesadaran yang terlahir benar-benar dari hati nurani seluruh santri dan bukan karena unsur keterpaksaan didalamnya.
Agar lebih intensif dan efektif dalam penanganan disiplin santri majelis Pengasuhan mendelegasikan wewenangnya kepada beberapa sub bagian yang ada dalam otoritasnya, sehingga proses bimbingan akan sangat cepat dirasakan seluruh santri tanpa melupakan fungsi koordinasi antar bagian dalam wilayah kerja Majelis Pengasuhan Santri.
Majelis Pengasuhan Santri bertanggungjawab langsung kepada pimpinan pondok. Dalam pelaksanaannya, pimpinan pondok memberikan amanah kepada Wakil Pengasuh di masing-masing kampus, yaitu: Ust. Fajrul Aziz Nawawi, S.Pd.I, Wakil Pengasuh Al-Mizan 1 Putra; Ust. M. Badruddawam Syihab, M.Pd., Wakil Pengasuh Al-Mizan 2 Putri; dan Ust. Abdul Rochman Apif, S.Ag., Wakil Pengasuh Al-Mizan 3 Tahfidz.
